《指导意见》提出鼓励建立县（市、区）政府主导、法人主体建设运维、部门监管、村民参与的污水治理机制。其中，鼓励以县级行政区域为单元，推动专业化市场主体为主具体负责城乡生活污水处理设施建设和运行管理，并逐步将不同时期、不同主体建设的农村生活污水处理设施及收集系统纳入统一运维范围；要求坚持“问需于农”“问计于农”“问效于农”，充分听取农民群众对农村生活污水治理的意愿和需求。
《指导意见》提出规划要注重农村生活污水治理与村庄规划、全域土地综合整治、农村人口变化、供水、改厕、水系整治等统筹和有效衔接；鼓励有条件的地区推行城乡污水处理统一规划、统一建设、统一运行、统一管理。鼓励依据规划，建立年度重点治理村庄清单并动态更新，把乡政府驻地或中心村，生活污水乱倒乱排严重、群众反映强烈的村庄，已开展水冲式厕所改造、厕所粪污去向难以解决的村庄，位于饮用水水源保护区的村庄，位于重点湖库周边或水质需改善水体的汇水范围或生态敏感区的村庄作为治理重点。年度重点治理村庄清单作为农村环境整治资金具体安排使用的重要依据。
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